Con el punto de partida del cortometraje de Pere Portabella, Premios Nacionales (1969), que investiga los almacenes del antiguo Museo de Arte Moderno de Madrid para ver qué fue de las medallas de oro de bellas artes, El museo invisible reflexiona sobre cuáles son las obras de arte que exponen los museos en sus salas y cuáles relegan a sus almacenes. Cuáles son los mecanismos que generan los discursos hegemónicos en el arte y las razones de éstos.